ゲノム情報 – 成果：ゲノム情報等整備プログラム
2007年度-2020年度
| 実施期間 | 生物種 | 課題名 | 代表機関（申請代表者） | 詳細 |
|---|---|---|---|---|
| 2020年度 | イネ | Oryza 属に関するゲノム情報整備Ⅱ | 国立遺伝学研究所（佐藤 豊） | 詳細（PDF） |
| 実験動物マウス | NBRP・日本産疾患モデルマウス系統の長鎖解読によるゲノム情報整備 | 理化学研究所（高田 豊行） | 詳細（PDF） | |
| アサガオ | 代表的なアサガオ100系統の多型と遺伝子変異の情報整備 | 自然科学研究機構 基礎生物学研究所（星野 敦） | 詳細（PDF） | |
| 2019年度 | イネ | Oryza 属に関するゲノム情報整備 | 国立遺伝学研究所（佐藤 豊） | 詳細（PDF） |
| コムギ | NBRP・コムギで整備中の東アジアコムギNAM集団親系統のゲノム多型解析 | 京都大学（那須田 周平） | 詳細（PDF） | |
| 2018年度 | ネッタイツメガエル | ネッタイツメガエル近交系のゲノム多型情報の整備 | 広島大学（荻野 肇） | 詳細（PDF） |
| ゼブラフィッシュ | 有用ゼブラフィッシュ系統のゲノム情報整備による高品質化 | 国立遺伝学研究所（川上 浩一） | 詳細（PDF） | |
| 広義キク属 | ロングリードを用いたキク属モデル系統のゲノム解析 | 広島大学（草場 信） | 詳細（PDF） | |
| ショウジョウバエ | ショウジョウバエ・ゲノム編集系統の配列情報整備 | 国立遺伝学研究所（齋藤 都暁） | 詳細（PDF） | |
| カイコ | 薬理・生理・病理学研究に適した大型カイコ実験系統のゲノムリシークエンシング | 東京大学（嶋田 透） | 詳細（PDF） | |
| 2017年度 | 実験動物マウス | 日本産愛玩由来JF1/Ms系統の高精細ゲノム情報整備 | 国立遺伝学研究所（高田 豊行） | 詳細（PDF） |
| コムギ | 日本産コムギ標準品質のゲノム解析によるコムギ多様性情報の整備 | 京都大学（那須田 周平） | 詳細（PDF） | |
| 2016年度 | カイコ | 起源を異にするカイコ近交系のゲノムリシークエンシング(2) | 東京大学（嶋田 透） | 詳細（PDF） |
| ラット | 代表的なラット系統の全ゲノムリシーケンシングとSNPタイピングキットの開発 | 九州大学（須山 幹太） | 詳細（PDF） | |
| 実験動物マウス | 1分子リアルタイムDNAシーケンサーによるMSM/Ms系統のリシーケンスと公開 | 国立遺伝学研究所（高田 豊行） | 詳細（PDF） | |
| 藻類 | NIESコレクションのシアノバクテリアのゲノム情報整備 | 豊橋技術科学大学（広瀬 侑） | 詳細（PDF） | |
| 2015年度 | カイコ | 起源を異にするカイコ近交系のゲノムリシークエンシング | 東京大学大学院農学生命科学研究科（嶋田 透） | 詳細（PDF） |
| ショウジョウバエ | 多様な特性を持つショウジョウバエ種のゲノム配列（2） | 国立遺伝学研究所（近藤 周） | 詳細（PDF） | |
| 実験動物マウス | 1分子長鎖再解読に基づく標準マウスゲノム配列および構造決定と公開 | 理化学研究所バイオリソースセンター（権藤 洋一） | 詳細（PDF） | |
| ミヤコグサ | ミヤコグサリソースの活用に向けたGifu系統の高精度ゲノム情報整備 | 東北大学（佐藤 修正） | 詳細（PDF） | |
| 病原微生物 | Aspergillus fumigatus関連種におけるゲノム情報整備 | 千葉大学真菌医学研究センター（矢口 貴志） | 詳細（PDF） | |
| ラット | ラット20系統のターゲットキャプチャによるゲノムリシーケンシング | 九州大学生体防御医学研究所（須山 幹太） | 詳細（PDF） | |
| 2014年度 | イネ | 野生イネリソースのゲノム多様性情報の整備 | 国立遺伝学研究所（倉田 のり） | 詳細（PDF） |
| 一般微生物 | NBRP一般微生物の多様な真核微生物のゲノム情報整備 | 理化学研究所（大熊 盛也） | 詳細（PDF） | |
| ミヤコグサ | ミヤコグサゲノム情報高度化に向けた収集リソースのリシークエンス | 東北大学（佐藤 修正） | 詳細（PDF） | |
| ショウジョウバエ | 多様な特性を持つショウジョウバエ種のゲノム配列 | 国立遺伝学研究所（近藤 周） | 詳細（PDF） | |
| 2012年度 | 一般微生物 | 環境と健康の研究に資する一般微生物のゲノム情報の整備 | 理化学研究所バイオリソースセンター（大熊 盛也） | 詳細（PDF） |
| 病源微生物 | NBRPに登録された300菌種の日和見病原体ゲノム解析 | 岐阜大学医学部病原微生物・遺伝子資源保存センター（江崎 孝行） | 詳細（PDF） | |
| 2011年度 | ラット | F344ラットの全ゲノムシークエンス解析 | 京都大学大学院 医学研究科附属動物実験施設 （芹川 忠夫） | Whole Genome Sequencing of F344/Stm |
| カタユウレイボヤ | カタユウレイボヤゲノム情報の整備とリソースの高度化 | 筑波大学下田臨海実験センター （稲葉 一男） | KH inbred line 3A KH inbred line 4B |
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| 2010年度 | 実験動物マウス | マウスC57BL/6N亜系統のBACエンドシークエンスの完成(両端読み131507件) | 理化学研究所バイオリソースセンター（吉木 淳） | 理研BRC（DNA） Mouse BAC browser DDBJ（GA000001 – GA131507） NBDC |
| トマト | マイクロトムゲノム配列解読 | かずさDNA研究所 (青木 考) | DDBJ（DRA000311） | |
| ニホンザル | ニホンザルゲノム解析 | 自然科学研究機構生理学研究所 (伊佐 正) | Japanese Monkey Genome Server DRA000589 (DRP000620) DRA000626 (DRP000657) |
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| メダカ | メダカ近交系シークエンスによるゲノム多型情報の整備 | 自然科学研究機構基礎生物学研究所（成瀬 清） | medaka SNP（Beta) | |
| 2009年度 | 実験動物マウス | マウスC57BL/6NのBACエンドシークエンス(両端読み122131件) | 理化学研究所バイオリソースセンター（吉木 淳） | 理研BRC（DNA） Mouse BAC browser DDBJ（DH839446-DH96157） NBDC |
| メダカ | メダカ完全長cDNAリソースの整備（両端読み234085件、全長配列決定2685件） | 自然科学研究機構基礎生物学研究所（成瀬 清） | NBRP Medaka NBDC |
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| コムギ | パンコムギ完全長cDNAリソースの整備(全長配列決定4905件) | 横浜市立大学木原生物学研究所（荻原 保成） | KOMUGI | |
| トマト | マイクロトムBACエンドシークエンス（両端読み93682件） | 筑波大学大学院生命環境科学研究科遺伝子実験センター（浅水 恵理香） | Kazusa DDBJ (FT227487-FT321168) NBDC |
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| 2008年度 | メダカ | 完全長cDNAリソースの整備(8693件) | 自然科学研究機構基礎生物学研究所（成瀬 清） | NBRP Medaka |
| ラット | LE/StmのBACエンドシーケンス (両端読み 122880クローン) | 京都大学大学院 医学研究科附属動物実験施設（芹川 忠夫） | 理研BRC (DNA) Rat Bac End DB |
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| トマト | 完全長cDNA配列解読によるトマトリソース高付加価値化 (全長配列 9000件) | かずさDNA研究所（青木 考） | KaFTom | |
| 2007年度 | メダカ | 完全長cDNAリソースの整備 (全長読み5906クローン, 両端読み 265859件) | 自然科学研究機構基礎生物学研究所 （成瀬 清） | NBRP Medaka |
| ショウジョウバエ | 系統の品質管理にむけたゲノム・特性情報整備 | 国立遺伝学研究所（上田 龍） | DGRC統合検索システム | |
| シロイヌナズナ | 新たなシロイヌナズナリソースとしてのThellungiella halophilaの完全長cDNA全長配列解析 | 理化学研究所バイオリソースセンター（小林 正智） | 理研BRC | |
| コムギ | パンコムギ完全長cDNAリソースの整備 (5740クローン) | 横浜市立大学木原生物学研究所（荻原 保成） | KOMUGI | |
| 実施期間 | 生物種 | 課題名 | 代表機関（申請代表者） | 詳細 |
2006年度-2002年度
| 実施期間 | 生物種 | 手法・内容 | 数量 | 解析機関 | 情報公開サイト | リソース提供サイト |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 2006年度 | 実験動物マウス | MSM-ゲノムショットガン | ca.1300000リード | 理研 | NIG Mouse Genome Database | – |
| 実験動物マウス | MSM-ゲノムショットガン | ca.1300000リード | 遺伝研 | NIG Mouse Genome Database | – | |
| 実験動物マウス | cDNAライブラリ４系統端読み | ca.80000クローン | 遺伝研 | NBRP NBRP Blast mouse BLAST |
– | |
| ラット | F344-Stm-BAC端読み | ca.240000クローン | 理研 | Rat Bac End DB DDBJ (DH508174-839445) |
理研BRC (DNA) | |
| カイコ | EST端読み | ca.65000クローン | 遺伝研 | SilkBase | – | |
| カイコ | sRNA片読み | ca.20000クローン | 遺伝研 | DDBJ(AB386191-AB424683) | – | |
| シロイヌナズナ | 完全長cDNA全長配列解析 | 1678クローン | 理研 | 理研BRC（Plant) | 理研BRC（Plant) | |
| ダイズ | 完全長cDNA全長配列解析 | 2000クローン | 理研 | – | – | |
| 酵母 | ゲノムDNA | – | 遺伝研 | Yeast | Yeast | |
| 2005年度 | 実験動物マウス | MSM-ゲノムショットガン | ca.1030000リード | 理研 | NIG Mouse Genome Database | – |
| 実験動物マウス | MSM-ゲノムショットガン | ca.1100000リード | 遺伝研 | NIG Mouse Genome Database | – | |
| ラット | BACライブラリ作製 | 2 | 理研 | – | – | |
| ショウジョウバエ | ESTライブラリ作製 | 5 | 遺伝研 | – | – | |
| ショウジョウバエ | EEST端読み | ca.100000クローン | 遺伝研 | DGRC統合検索システム | – | |
| ダイズ | 完全長cDNA全長配列解析 | 2000クローン | 理研 | – | – | |
| 酵母 | 完全長cDNA全長配列端読み | ca.50000クローン | 遺伝研 | Yeast | Yeast | |
| 2003年度 | ネッタイツメガエル | EST端読み | ca.60000クローン | 遺伝研 | NBRP Xenopus Genome | 理研BRC(DNA) XDB |
| ショウジョウバエ | BAC端読み | ca.45000クローン | 理研 | DGRC統合検索システム(AG909574-AG981700) | – | |
| ニホンザル | BAC端読み | ca.80000クローン | 理研 | Japanese macaque BAC browser DDBJ (AG613379-AG780537) |
理研BRC(DNA) | |
| コムギ | EST端読み | ca.40000クローン | 遺伝研 | KOMUGI | KOMUGI | |
| コムギ | 完全長cDNAクローン全長配列解析 | ca.4000クローン | 理研 | – | – | |
| コムギ | BACクローン全長配列解析 | 15クローン | 理研 | KOMUGI | – | |
| オオムギ | EST端読み | ca.40000クローン | 遺伝研 | BARLEY DB | 岡山大学 | |
| オオムギ | cDNAクローン | ca.5000リード | 遺伝研 | BARLEY DB | 岡山大学 | |
| シロイヌナズナ | 完全長cDNA全長配列解析 | ca.6000クローン | 遺伝研 | 理研BRC（Plant) | 理研BRC（Plant) | |
| 2002年度 | 実験動物マウス | MSM-BAC端読み | ca.200000クローン | 理研 | NIG Mouse Genome Database | 理研BRC (DNA) |
| メダカ | ゲノムショットガン | ca.500000リード | 理研 | NBRP Medaka Genome | – | |
| メダカ | ゲノムショットガン | ca.500000リード | 遺伝研 | NBRP Medaka Genome | – | |
| ネッタイツメガエル | EST端読み | ca.160000クローン | 遺伝研 | NBRP Xenopus Genome | 理研BRC(DNA) XDB |
|
| ショウジョウバエ | BACライブラリ作製 | 5 | 理研 | – | – | |
| ニホンザル | BACライブラリ作製 | 1 | 理研 | – | – | |
| ヒト | BAC | 53 | 理研 | – | 理研BRC(DNA) | |
| コムギ | EST端読み | ca.100000クローン | 遺伝研 | KOMUGI | KOMUGI | |
| シロイヌナズナ | 完全長cDNA全長配列解析 | ca.2400クローン | 遺伝研 | 理研BRC（Plant) | 理研BRC（Plant) | |
| 実施期間 | 生物種 | 手法・内容 | 数量 | 解析機関 | 情報公開サイト | リソース提供サイト |