ゲノム情報 – 成果:ゲノム情報等整備プログラム

2020年度  2019年度  2018年度  2017年度  2016年度  2015年度  2014年度  2012年度  2011年度  2010年度  2009年度  2008年度  2007年度  2002年度 – 2006年度

 2020年度 

生物種 課題名 代表機関(申請代表者) 詳細
イネ Oryza 属に関するゲノム情報整備Ⅱ 国立遺伝学研究所(佐藤 豊)
実験動物マウス NBRP・日本産疾患モデルマウス系統の長鎖解読によるゲノム情報整備 理化学研究所(高田 豊行)
アサガオ 代表的なアサガオ100系統の多型と遺伝子変異の情報整備 自然科学研究機構 基礎生物学研究所(星野 敦)

 2019年度 

生物種 課題名 代表機関(申請代表者) 詳細
イネ Oryza 属に関するゲノム情報整備 国立遺伝学研究所(佐藤 豊) 詳細(PDF)
コムギ NBRP・コムギで整備中の東アジアコムギNAM集団親系統のゲノム多型解析 京都大学(那須田 周平) 詳細(PDF)

 2018年度 

生物種 課題名 代表機関(申請代表者) 詳細
ネッタイツメガエル ネッタイツメガエル近交系のゲノム多型情報の整備 広島大学(荻野 肇) 詳細(PDF)
ゼブラフィッシュ 有用ゼブラフィッシュ系統のゲノム情報整備による高品質化 国立遺伝学研究所(川上 浩一) 詳細(PDF)
広義キク属 ロングリードを用いたキク属モデル系統のゲノム解析 広島大学(草場 信) 詳細(PDF)
ショウジョウバエ ショウジョウバエ・ゲノム編集系統の配列情報整備 国立遺伝学研究所(齋藤 都暁) 詳細(PDF)
カイコ 薬理・生理・病理学研究に適した大型カイコ実験系統のゲノムリシークエンシング 東京大学(嶋田 透) 詳細(PDF)

 2017年度 

生物種 課題名 代表機関(申請代表者) 詳細
実験動物マウス 日本産愛玩由来JF1/Ms系統の高精細ゲノム情報整備 国立遺伝学研究所(高田 豊行) 詳細(PDF)
コムギ 日本産コムギ標準品質のゲノム解析によるコムギ多様性情報の整備 京都大学(那須田 周平) 詳細(PDF)

 2016年度 

生物種 課題名 代表機関(申請代表者) 詳細
カイコ 起源を異にするカイコ近交系のゲノムリシークエンシング(2) 東京大学(嶋田 透) 詳細(PDF)
ラット 代表的なラット系統の全ゲノムリシーケンシングとSNPタイピングキットの開発 九州大学(須山 幹太) 詳細(PDF)
実験動物マウス 1分子リアルタイムDNAシーケンサーによるMSM/Ms系統のリシーケンスと公開 国立遺伝学研究所(高田 豊行) 詳細(PDF)
藻類 NIESコレクションのシアノバクテリアのゲノム情報整備 豊橋技術科学大学(広瀬 侑) 詳細(PDF)

 2015年度 

生物種 課題名 代表機関(申請代表者) 詳細
カイコ 起源を異にするカイコ近交系のゲノムリシークエンシング 東京大学大学院農学生命科学研究科(嶋田 透) 詳細(PDF)
ショウジョウバエ 多様な特性を持つショウジョウバエ種のゲノム配列(2) 国立遺伝学研究所(近藤 周) 詳細(PDF)
実験動物マウス 1分子長鎖再解読に基づく標準マウスゲノム配列および構造決定と公開 理化学研究所バイオリソースセンター(権藤 洋一) 詳細(PDF)
ミヤコグサ ミヤコグサリソースの活用に向けたGifu系統の高精度ゲノム情報整備 東北大学(佐藤 修正) 詳細(PDF)
病原微生物 Aspergillus fumigatus関連種におけるゲノム情報整備 千葉大学真菌医学研究センター(矢口 貴志) 詳細(PDF)
ラット ラット20系統のターゲットキャプチャによるゲノムリシーケンシング 九州大学生体防御医学研究所(須山 幹太) 詳細(PDF)

 2014年度 

生物種 課題名 代表機関(申請代表者) 詳細
イネ 野生イネリソースのゲノム多様性情報の整備 国立遺伝学研究所(倉田 のり) 詳細(PDF)
一般微生物 NBRP一般微生物の多様な真核微生物のゲノム情報整備 理化学研究所(大熊 盛也) 詳細(PDF)
ミヤコグサ ミヤコグサゲノム情報高度化に向けた収集リソースのリシークエンス 東北大学(佐藤 修正) 詳細(PDF)
ショウジョウバエ 多様な特性を持つショウジョウバエ種のゲノム配列 国立遺伝学研究所(近藤 周) 詳細(PDF)

 2012年度 

生物種 課題名 代表機関(申請代表者) 詳細
一般微生物 環境と健康の研究に資する一般微生物のゲノム情報の整備 理化学研究所バイオリソースセンター(大熊 盛也) 詳細(PDF)
病源微生物 NBRPに登録された300菌種の日和見病原体ゲノム解析 岐阜大学医学部病原微生物・遺伝子資源保存センター(江崎 孝行) 詳細(PDF)

 2011年度 

生物種 課題名 代表機関(申請代表者) 詳細
ラット F344ラットの全ゲノムシークエンス解析 京都大学大学院 医学研究科附属動物実験施設 (芹川 忠夫) Whole Genome Sequencing of F344/Stm
カタユウレイボヤ カタユウレイボヤゲノム情報の整備とリソースの高度化 筑波大学下田臨海実験センター (稲葉 一男) KH inbred line 3A
KH inbred line 4B

 2010年度 

生物種 課題名 代表機関(申請代表者) 詳細
実験動物マウス マウスC57BL/6N亜系統のBACエンドシークエンスの完成(両端読み131507件) 理化学研究所バイオリソースセンター(吉木 淳) 理研BRC(DNA)
Mouse BAC browser
DDBJ(GA000001 – GA131507)
NBDC
トマト マイクロトムゲノム配列解読 かずさDNA研究所 (青木 考) DDBJ(DRA000311)
ニホンザル ニホンザルゲノム解析 自然科学研究機構生理学研究所 (伊佐 正) Japanese Monkey Genome Server
DRA000589 (DRP000620)
DRA000626 (DRP000657)
メダカ メダカ近交系シークエンスによるゲノム多型情報の整備 自然科学研究機構基礎生物学研究所(成瀬 清) medaka SNP(Beta)

 2009年度 

生物種 課題名 代表機関(申請代表者) 詳細
実験動物マウス マウスC57BL/6NのBACエンドシークエンス(両端読み122131件) 理化学研究所バイオリソースセンター(吉木 淳) 理研BRC(DNA)
Mouse BAC browser
DDBJ(DH839446-DH96157)
NBDC
メダカ メダカ完全長cDNAリソースの整備(両端読み234085件、全長配列決定2685件) 自然科学研究機構基礎生物学研究所(成瀬 清) NBRP Medaka
NBDC
コムギ パンコムギ完全長cDNAリソースの整備(全長配列決定4905件) 横浜市立大学木原生物学研究所(荻原 保成) KOMUGI
トマト マイクロトムBACエンドシークエンス(両端読み93682件) 筑波大学大学院生命環境科学研究科遺伝子実験センター(浅水 恵理香) Kazusa
DDBJ (FT227487-FT321168)
NBDC

 2008年度 

生物種 課題名 代表機関(申請代表者) 詳細
メダカ 完全長cDNAリソースの整備(8693件) 自然科学研究機構基礎生物学研究所(成瀬 清) NBRP Medaka
ラット LE/StmのBACエンドシーケンス (両端読み 122880クローン) 京都大学大学院 医学研究科附属動物実験施設(芹川 忠夫) 理研BRC (DNA)
Rat Bac End DB
トマト 完全長cDNA配列解読によるトマトリソース高付加価値化 (全長配列 9000件) かずさDNA研究所(青木 考) KaFTom

 2007年度 

生物種 課題名 代表機関(申請代表者) 詳細
メダカ 完全長cDNAリソースの整備 (全長読み5906クローン, 両端読み 265859件) 自然科学研究機構基礎生物学研究所 (成瀬 清) NBRP Medaka
ショウジョウバエ 系統の品質管理にむけたゲノム・特性情報整備 国立遺伝学研究所(上田 龍) DGRC統合検索システム
シロイヌナズナ 新たなシロイヌナズナリソースとしてのThellungiella halophilaの完全長cDNA全長配列解析 理化学研究所バイオリソースセンター(小林 正智) 理研BRC
コムギ パンコムギ完全長cDNAリソースの整備 (5740クローン) 横浜市立大学木原生物学研究所(荻原 保成) KOMUGI

 2002年度 – 2006年度 

生物種 手法・内容 数量 解析機関 採択年度 情報公開サイト リソース提供サイト
実験動物マウス MSM-BAC端読み ca.200000クローン 理研 2002 NIG Mouse Genome Database 理研BRC (DNA)
実験動物マウス MSM-ゲノムショットガン ca.1030000リード 理研 2005 NIG Mouse Genome Database
実験動物マウス MSM-ゲノムショットガン ca.1300000リード 理研 2006 NIG Mouse Genome Database
実験動物マウス MSM-ゲノムショットガン ca.1100000リード 遺伝研 2005 NIG Mouse Genome Database
実験動物マウス MSM-ゲノムショットガン ca.1300000リード 遺伝研 2006 NIG Mouse Genome Database
実験動物マウス cDNAライブラリ4系統端読み ca.80000クローン 遺伝研 2006 NBRP
NBRP Blast
mouse BLAST
ラット BACライブラリ作製 2 理研 2005
ラット F344-Stm-BAC端読み ca.240000クローン 理研 2006 Rat Bac End DB
DDBJ (DH508174-839445)
理研BRC (DNA)
メダカ ゲノムショットガン ca.500000リード 理研 2002 NBRP Medaka Genome
メダカ ゲノムショットガン ca.500000リード 遺伝研 2002 NBRP Medaka Genome
ネッタイツメガエル EST端読み ca.160000クローン 遺伝研 2002 NBRP Xenopus Genome 理研BRC(DNA)
XDB
ネッタイツメガエル EST端読み ca.60000クローン 遺伝研 2003 NBRP Xenopus Genome 理研BRC(DNA)
XDB
ショウジョウバエ BACライブラリ作製 5 理研 2002
ショウジョウバエ BAC端読み ca.45000クローン 理研 2003 DGRC統合検索システム(AG909574-AG981700)
ショウジョウバエ ESTライブラリ作製 5 遺伝研 2005
ショウジョウバエ EEST端読み ca.100000クローン 遺伝研 2005 DGRC統合検索システム
カイコ EST端読み ca.65000クローン 遺伝研 2006 SilkBase
カイコ sRNA片読み ca.20000クローン 遺伝研 2006 DDBJ(AB386191-AB424683)
ニホンザル BACライブラリ作製 1 理研 2002
ニホンザル BAC端読み ca.80000クローン 理研 2003 Japanese macaque BAC browser
DDBJ (AG613379-AG780537)
理研BRC(DNA)
ヒト BAC 53 理研 2002 理研BRC(DNA)
コムギ EST端読み ca.100000クローン 遺伝研 2002 KOMUGI KOMUGI
コムギ EST端読み ca.40000クローン 遺伝研 2003 KOMUGI KOMUGI
コムギ 完全長cDNAクローン全長配列解析 ca.4000クローン 理研 2003
コムギ BACクローン全長配列解析 15クローン 理研 2003 KOMUGI
オオムギ EST端読み ca.40000クローン 遺伝研 2003 BARLEY DB 岡山大学
オオムギ cDNAクローン ca.5000リード 遺伝研 2003 BARLEY DB 岡山大学
シロイヌナズナ 完全長cDNA全長配列解析 ca.2400クローン 遺伝研 2002 理研BRC(Plant) 理研BRC(Plant)
シロイヌナズナ 完全長cDNA全長配列解析 ca.6000クローン 遺伝研 2003 理研BRC(Plant) 理研BRC(Plant)
シロイヌナズナ 完全長cDNA全長配列解析 1678クローン 理研 2006 理研BRC(Plant) 理研BRC(Plant)
ダイズ 完全長cDNA全長配列解析 2000クローン 理研 2005
ダイズ 完全長cDNA全長配列解析 2000クローン 理研 2006
酵母 完全長cDNA全長配列端読み ca.50000クローン 遺伝研 2005 Yeast Yeast
酵母 ゲノムDNA 遺伝研 2006 Yeast Yeast
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